בתקופת מבצע שאגת הארי יבוצעו שינויים בתנועת הרכבות שיפעלו בימים ראשון עד חמישי בין השעות 5:00 בבוקר ועד ל 21:00 בערב בקירוב ובימי שישי עד השעה 13:00 בקירוב.
כדי לשמור על רציפות תפקודית לטובת הנוסעים, הרכבות תופעלנה בקווים האלה בלבד במתכונת של רכבת מאספת אחת מידי שעה:
- קו נהריה-חיפה-תל אביב-באר שבע (עם עצירות בכל תחנות הביניים המצויינות מטה).
- קו הרצליה-תל אביב-נתב"ג-ירושלים
- קו הרצליה-תל אביב-אשקלון-אופקים (קו טבעת השרון והנגב המערבי).
- קו בנימינה-רחובות/אשקלון.
- קו כרמיאל-חיפה.
עקב גיוס אנשי אבטחה רבים למילואים, יבוצעו שינויים גם בפעולת התחנות כדלקמן:
כרמיאל, נהריה, עכו, קרית מוצקין, מרכזית המפרץ (כניסה ראשית בלבד), חיפה מרכז השמונה, חיפה בת גלים, חיפה חוף כרמל (כניסה מזרחית בלבד), בנימינה (כניסה מערבית בלבד), קיסריה- פרדס חנה (כניסה מערבית בלבד), חדרה מערב, נתניה, בית יהושע (כניסה מערבית בלבד), הרצליה, תל אביב האוניברסיטה, תל אביב סבידור-מרכז (הכניסה הראשית וכניסת הבורסה בלבד), תל אביב השלום (כניסה דרומית בלבד), לוד, קרית גת, ב״ש מרכז, רעננה מערב, כפ״ס נורדאו, ראש העין צפון, פ"ת קרית אריה, נתב״ג, ירושלים יצחק נבון, בת-ים יוספטל, ראשל"צ משה דיין (כניסה צפונית בלבד), חולון וולפסון, יבנה מערב, רחובות, אשדוד עד הלום, אשקלון, שדרות, אופקים ונתיבות.
פיקוד העורף פרסם שינויים בהנחיות ההתגוננות בעת אזעקה שהיה ברכבת או בתחנות:
בהשמע אזעקה במהלך הנסיעה ברכבת, על הנוסעים להישמע להוראות מנהלי הנסיעה (פקחים), להוריד את וילונות הרכבת, להתכופף מתחת לקו החלונות ולהגן על הראש באמצעות הידיים במשך עשר דקות, או עד לקבלת הוראות נוספות על ידי צוות הרכבת.
הנחיות אלו תקפות בשעת הנסיעה ובשהיית הרכבת בתחנה ואין לרדת מהרכבת אלא אם התקבלה הנחיה מפורשת לכך.
בהשמע התרעה בעת המתנה ברציפים או באולם הנוסעים בתחנה, על הנוסעים להישמע להוראות צוותי התחנה ולהיכנס בזהירות אל המרחב המוגן ביותר הקיים.
